I pazienti con malattie infiammatorie croniche intestinali (malattia di Crohn e rettocolite ulcerosa) hanno un intestino più "delicato" rispetto ai soggetti sani. Nonostante non esista una dieta specifica per prevenire le riacutizzazioni, è importante seguire un'alimentazione varia. Ma non solo: chi ha una di queste due malattie è infatti dimostrato avere un rischio maggiore di contrarre alcune infezioni intestinali e di andare incontro a un aggravamento della condizione intestinale in caso di tossinfezioni alimentari. Chi è affetto da una MICI deve prestare maggiore attenzione quando viaggia in Paesi nei quali gli alimenti non sono sottoposti a controllo sanitario o dove è possibile bere acque che non subiscono stretti controlli finalizzati alla valutazione della potabilità. L’uso dell’acqua minerale al posto di quella corrente è un valido suggerimento in tutti quei luoghi ove sussistono dubbi circa la potabilità dell’acqua corrente, suggerimento che diviene ancor più importante per le persone affette da malattie infiammatorie croniche intestinali.
Anche l'assunzione di alcuni alimenti crudi, come il pesce la carne e le uova, dovrebbe essere ridotta e in ogni caso occorre una certezza assoluta circa conservazione e preparazione di questo tipo di pietanze. In particolare le parassitosi sono tra i pericoli maggiori nell'impiego di prodotti ittici non cotti come, ad esempio, il popolarissimo sushi: il pericolo maggiore è quello della contaminazione da Anisakis, noto parassita che può diffondersi nel pesce crudo. Arrivato nel tubo digerente questo può dar luogo infatti a gastroenteriti che nei pazienti con MICI potrebbero rivelarsi particolarmente serie. È bene ricordare che ormai da quasi trent'anni il Ministero della salute prevede che il pesce possa essere consumato crudo solo se abbattuto termicamente, ovvero precedentemente congelato a -20 gradi per 24 ore. Attenzione, però: il pesce va considerato crudo quando non è stato cotto a temperature di almeno 60 gradi. Pertanto se la suddetta temperatura non viene raggiunta anche all’interno delle carni non vi è certezza della non presenza di anisakis. La marinatura non elimina l’anisakis dalle carni del pesce infestato.
Vi è poi un batterio particolarmente pericoloso per l'intestino di tutti e in particolare per chi ha la malattia di Crohn o la rettocolite ulcerosa: si tratta del Clostridium difficile, batterio fisiologicamente presente nella flora intestinale che, qualora prende il sopravvento sulle altre specie batteriche residenti, può causare disturbi intestinali potenzialmente gravi. L'incidenza dell'infezione è molto più elevata nei pazienti con malattie infiammatorie croniche intestinali: circa il 10 per cento di rischio di contrarla nel corso della vita e maggiori possibilità, rispetto ai soggetti sani, che questa si ripresenti altre volte. Grande attenzione va quindi posta alla prevenzione. Dal momento che il Clostridium difficile è presente nelle feci, L’infezione può essere dovuta al contatto delle mani contaminate con la bocca: sulle superfici infatti questo può sopravvivere molto a lungo. È quindi importante provvedere ad una scrupolosa igiene delle mani tutte le volte in cui si ritiene di poter aver manipolato superfici sulle quali si ritiene probabile una contaminazione fecale.